Dirk Pauwels n'a reçu aucune formation théâtrale, mais s'est retrouvé au théâtre lorsqu'il a fait la connaissance d'Eric De Volder par le biais des arts visuels à la fin des années 1970. Vers 1979, il devient membre du groupe de performance De Volders Parisiana. Pauwels y fit la connaissance de Josse De Pauw. Avec De Volder et Pat Van Hemelrijck, ils ont fondé Sierkus Radeis. La petite compagnie a fait du "théâtre de bande dessinée" sans paroles, qui a rapidement réussi à séduire un public international.

En 1984, Pauwels a commencé à travailler comme metteur en scène pour le Nieuwpoorttheater, qui deviendra plus tard la base opérationnelle de sa compagnie Victoria. En tant que directeur de Victoria, il a produit des performances d'Alain Platel, Arne Sierens et Josse De Pauw. En 1996, il reçoit le Prix de la Culture de la Ville de Gand pour ses réalisations dans le domaine des arts de la scène.

De 2008 à 2011, Pauwels a dirigé la maison de production CAMPO. Il fonde alors De 3e Colonne, une compagnie qui présente des spectacles de salon.